Sukses sebagai pengusaha, mantan aktivis Perhimpunan Mahasiswa Katolik Republik Indonesia (PMKRI) ini kemudian tertarik ke panggung politik. Kiprah politiknya ditandai saat ia bergabung dengan Partai Kesatuan Demokrasi Indonesia (PKDI).
Ia sempat dipercaya sebagai Ketua Mahkamah PKDI hingga 2013. Setelah itu, Johnny hijrah ke Partai Nasdem.
Pada Pemilu 2014, suami Maria Ana ini lolos ke Senayan. Ia duduk di Komisi XI membidangi keuangan, perencanaan pembangunan nasional, perbankan, dan lembaga keuangan bukan bank di DPR RI untuk periode 2014-2019.
Tak hanya itu, ayah tiga anak ini juga mendapat kepercayaan sebagai Ketua Kelompok Fraksi (Kapoksi) XI, anggota Badan Anggaran, dan anggota Badan Musyawarah DPR RI, hingga Ketua Departemen Energi Sumber Daya Alam dan Lingkungan Hidup DPP Nasdem.
Kariernya di Nasdem menanjak. Pada 2017, ia ditunjuk oleh Ketua Umum Partai Nasdem Surya Paloh menjadi Sekjen baru menggantikan yang lama untuk meneruskan periode 2013-2018.